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Les grands types de techniques de suivis de la faune qui peuvent être mobilisés pour la faune nocturne


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Parmi les grands types de techniques de suivis de la faune pouvant être appliqués à la biodiversité nocturne on peut lister les méthodes suivantes.


Avertissement :
- avant de procéder à de tout inventaire ou suivi nécessitant dérangement, capture ou manipulation, il est impératif de vérifier si les espèces que vous visez sont protégées par la règlementation. Le cas échéant, une dérogation est indispensable, voire un permis spécifique (pêche électrique, baguage, ...).
- le contact avec certaines espèces nécessite des précautions particulières. Par exemple, la manipulation d’amphibiens doit toujours se faire les mains mouillées et être suivi d’un lavage de main. Pour des raisons sanitaires également, certains animaux ne doivent pas être touchés (cadavres notamment) ou muni obligatoirement de gants.
- si vous utilisez du matériel entrant en contact direct avec les animaux, celui-ci doit être désinfecté pour éviter tout risque de transmission de pathogènes, par exemple entre points d’eau (chytridiomytose).
- chaque espèce possède son calendrier annuel. Aussi, certaines périodes sont-elles plus sensibles que d’autres pour procéder à un inventaire de la faune car un dérangement pourrait être fatal aux animaux (ex : réveil des chauves-souris en pleine hibernation). Dans tous les cas, il est impératif de prendre toutes les précautions nécessaires pour limiter au maximum le caractère invasif d’un protocole d’inventaire ou de suivi.
- la nuit peut constituer un environnement oppressant pour certaines personnes qui n’en ont pas l’habitude. Il est recommander de ne pas se lancer seul dans des excursions nocturnes. Pour des raisons de sécurité, il est de toutes façons toujours conseillé d'effectuer du terrain naturaliste en binôme. Veillez par ailleurs à posséder l’équipement nécessaire et d'autant plus en conditions nocturnes (vêtements chauds, téléphone portable, GPS, torche, couverture de survie, …).



La méthode de Capture/Marquage/Recapture


Elle consiste à capturer des individus, les marquer puis les relâcher. La recapture des individus marqués permet alors de quantifier la population étudiée ou d’acquérir des informations sur son fonctionnement (déplacements par exemple). Elle se pratique sur de nombreux groupes biologiques : oiseaux, reptiles, mammifères, certains insectes. Le marquage peut se faire par la pose d’un repère (par exemple une bague métallique pour les oiseaux), par annotation (peinture, trace en relief, …) ou par mutilation chez les invertébrés telle que la coupe d’une patte médiane par exemple (à éviter cependant au maximum). La méthode du marquage bague, utilisée chez les oiseaux, permet ainsi de suivre des espèces nocturnes (chouettes, hiboux) en les capturant de jour lorsque celles-ci sont dans leur nid.

Chouette hulotte marquée d'une bague métallique Muséum dans le cadre d'un programme de suivi avec nichoirs
Chouette hulotte marquée d'une bague métallique Muséum dans le cadre d'un programme de suivi avec nichoirs. Photo R. Sordello


Le suivi par technologie GPS


Elle nécessite de capturer les individus pour les équiper à l’aide de matériel de type enregistreur GPS ou balise ARGOS. Cette technique n’est pas applicable sur tous les groupes biologiques en raison du poids du matériel embarqué qui s’adresse principalement aux grandes espèces même si des progrès techniques ont été faits. Le GPS ou la balise ARGOS sont aussi à privilégier pour les espèces à grands territoires et/ou migratrices. Elle permet en effet de suivre les déplacements d’individus sur de longues distances (migrations, utilisation du domaine vital*, cycle journalier des activités, ...). L’avantage de cette technique est également qu’elle nécessite peu de main-d’œuvre car les données sont transmises/enregistrées toutes seules. Elle est donc aussi utile pour les espèces à faibles effectifs ou dont le milieu de vie est hostile au suivi par l’Homme (ex : animaux marins).


Le suivi télémétrique (radiotracking)


Comme le suivi GPS, cette technique nécessite de capturer les individus. Ceux-ci sont alors équipés de matériel émettant des ondes radio. Une fois relâchés, ces individus sont suivis par des humains possédant des récepteurs. Par triangulation* ou prise de coordonnées GPS, les positions des individus peuvent alors être connues régulièrement et reportées sur une carte. Cette technique est donc très gourmande en temps et en main-d’œuvre. Elle permet cependant d’acquérir de la donnée fine sur l’utilisation de l’espace et les cycles d’activité. Elle est très utilisée sur les chauves-souris par exemple.

Equipement d'un émetteur radio sur une chauve-souris en vue de son suivi télémtrique
Equipement d'un émetteur radio sur une chauve-souris en vue de son suivi télémtrique. Photo R. Sordello


Le suivi photographique/vidéo


Cette technique consiste à utiliser des appareils photo/vidéo, qui se déclenchent automatiquement lors du passage d’animaux devant l’objectif. Ces appareils peuvent être disposés à un endroit précis (par exemple sur un ouvrage de franchissement au dessus d’une infrastructure de transport pour vérifier son utilisation par la faune nocturne (ou diurne)). Ils peuvent aussi être disposés sur une vaste zone d’étude selon un plan d’échantillonnage (par exemple pour détecter la présence d’une espèce ou délimiter son territoire). Pour la prise de vue nocturne, il existe des modèles d’appareils équipés de technologie infrarouge afin de pouvoir se passer du flash qui potentiellement peut biaiser le suivi. Une fois les appareils posés, il suffit de télécharger régulièrement leurs captures. L’analyse des prises de vue nécessite en revanche du temps et ne peut être faite par un ordinateur (tri des photos, reconnaissance des espèces voire des individus, ...), ce qui est représente le point négatif de cette technique. Autre inconvénient, toute la faune ne peut être suivie par cette méthode, car les petites espèces ne sont pas détectées. Cette technique est donc surtout utilisée pour les mammifères moyens et grands.

Piège photographique installé en forêt
Piège photographique installé en forêt. Photo R. Sordello


Relevé de cadavres


Lors de leurs déplacements, les animaux sont suscrptibles de rencontrer des barrières, telles que les infrastructures de transport. Parfois, cette barrière n'est pas totalement opaque et les animaux tentent alors de la franchir. Ils peuvent alors entrer en collision avec les véhicules. la présence de cadavres sur une infrastructure de transport peut alors révéler l'existence d'une continuité écologique encore présente mais devenue partiellement fonctionnelle. Cette technique permet ainsi d'identifier des "points de conflits" entre faune sauvage et réseau de transport, y compris pour la faune nocturne pour laquelle la détection d'animaux peut rester limitée vivants de nuit.

Cadavre de Blaireau découvert de jour sur une route révélant une collision pendant la nuit
Cadavre de Blaireau découvert de jour sur une route révélant une collision pendant la nuit. Photo R. Sordello


Le suivi génétique


Cette technique nécessite de prélever de l’ADN. Celui-ci peut être prélevé directement sur les individus ou bien indirectement sur des poils, fèces, ... trouvés sur le terrain (généralement l’ADN y est en revanche de moins bonne qualité).

Pour mesurer la fragmentation* par la lumière :

L’outil moléculaire peut être utilisé pour comprendre comment s'organise spatialement une espèce sur une zone étudiée et notamment si certains éléments anthropiques viennent fragmenter ses populations. Il peut alors en théorie être utilisé pour vérifier si des coupures sont occasionnées par des infrastructures/zones éclairées sur un territoire. La difficulté reste cependant d’isoler le paramètre que l’on souhaite étudier - ici la lumière - car de multiples facteurs peuvent être responsables d’une structuration/fragmentation génétique. Autre bémol, cette méthode reste pour le moment « lourde » (terrain chronophage avec beaucoup d’échantillons à prélever) et relativement couteuse. Elle est néanmoins en plein développement actuellement.

Pour inventorier des espèces dites « cryptiques* » :

On peut aussi avoir recours à l’outil moléculaire pour inventorier la biodiversité sur une zone d’étude. Un échantillon du milieu est alors prélevé et analysé pour détecter des traces d’ADN qui révèlerait le passage de telle ou telle espèce. C’est la technique de l’ADN environnemental. Elle est actuellement en plein développement. Son potentiel est très important pour optimiser les coûts des campagnes de terrain et surtout pour détecter des espèces dites « cryptiques » c’est-à-dire difficile à contacter, parmi lesquelles les espèces nocturnes. On peut ainsi faire un prélèvement d’eau dans des mares pour identifier leur fréquentation par des amphibiens.



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